ประสิทธิ์ แดงดา มีคู่ชีวิตคือ กาญจนา แดงดา[6] โดยทั้งสองมีลูกชายชื่อธีรศิลป์ แดงดา ซึ่งเป็นนักฟุตบอลกองหน้าทีมชาติไทย[11][12][13] และลูกสาวชื่อธนีกาญจน์ แดงดา ซึ่งเป็นนักกีฬาฟุตบอลหญิงทีมชาติไทย[14][15] ซึ่งลูกของประสิทธิ์ทั้งสอง ต่างได้รับการเสนอชื่อเข้าชิงรางวัลฟุตบอลสยามโกลเดนบอล ครั้งที่ 3[16] โดยธีรศิลป์ได้รับรางวัลสาขานักเตะยอดเยี่ยม และประสิทธิ์ได้เป็นตัวแทนเข้ารับรางวัลดังกล่าว[17]

ทั้งนี้ ประสิทธิ์เคยจดบันทึกสิ่งที่ต้องการในชีวิต 10 ประการ ในช่วง 20 ปีก่อนที่ธีรศิลป์ แดงดา จะเดินทางไปทดสอบฝีเท้าที่ประเทศสเปน ซึ่งหนึ่งในนั้นคือ การเห็นลูกชาย ได้ไปแข่งขันฟุตบอลในต่างแดน[18]